Fobus ledelse består af en bestyrelse og en direktion. Bestyrelsen varetager den overordnede strategiske ledelse, mens direktionen varetager den daglige ledelse. Direktionen står til ansvar over for bestyrelsen, der er demokratisk valgt af fobus repræsentantskab.
Bestyrelsen har til opgave at ansætte direktionen, godkende idégrundlag og strategier, godkende budget og kontrollere bogføring mv. Bestyrelsen godkender desuden sager af usædvanlig art eller størrelse.
